Çanakkale'nin Çocukları filmi, bir annenin evlatlarını savaştan kurtarmak için verdiği mücadeleyi konu ediyor. Bir anne, rüyasında 2 oğlunun Çanakkale savaşında birbirlerini öldürdüğünü görmüştür. Ayrıca biri İngiliz siperinde, diğeri Osmanlı siperindedir. Bu durumu kocası Kasım Bey ile paylaştığında eşi onun deli olduğunu düşünmüştür. Fakat anne, çocuklarının tehlikede olduğunu hisseder ve durmaya da hiç niyeti yoktur. Bir annenin kalbinin sesini dinleyerek çıktığı yolculuk, onu Çanakkale Savaşı'nın kanlı meydanlarına götürür.

Birkaç sene öncesine kadar bir rock grubunda çalmakta olan, şarkılar yazan ve iyi bir gelecek vaat eden, otuz yaşlarındaki eski müzisyen Mehmet, artık müziği bırakmış, boşanmış ve kıt kanaat yaşayan bir adamdır. Geçimini sağlamak için gitar tamiri yapıyor ve birkaç kişiye özel ders veriyordur. Onu hayatta en çok bağlayan şey haftada bir gördüğü dokuz yaşındaki kızı Ezgi'dir. Mehmet, uzun yıllardır arkadaşı olan Ayşe ve kocasıyla hâlâ aynı apartmanda yaşamaktadır. Bir gece Ayşe ile kocası arasında şiddetli bir kavga yaşanır ve kocası evi terk eder. Mehmet durumu öğrenmek için Ayşe'nin kapısını çalar. Mehmet ve Ayşe'nin ilişkisi o tarihten sonra değişir.