Çanakkale'nin Çocukları filmi, bir annenin evlatlarını savaştan kurtarmak için verdiği mücadeleyi konu ediyor. Bir anne, rüyasında 2 oğlunun Çanakkale savaşında birbirlerini öldürdüğünü görmüştür. Ayrıca biri İngiliz siperinde, diğeri Osmanlı siperindedir. Bu durumu kocası Kasım Bey ile paylaştığında eşi onun deli olduğunu düşünmüştür. Fakat anne, çocuklarının tehlikede olduğunu hisseder ve durmaya da hiç niyeti yoktur. Bir annenin kalbinin sesini dinleyerek çıktığı yolculuk, onu Çanakkale Savaşı'nın kanlı meydanlarına götürür.

Sözlerini şair Mehmet Âkif Ersoy’un yazdığı ve 12 Mart 1921 senesinde Büyük Millet Meclisi’nde ülkemizin milli marşı kabul edilmiş olan İstiklâl Marşı’mızın yazılış hikayesi Mehmet Âkif Ersoy’un hayatından kesitlerle anlatılıyor.