Çanakkale'nin Çocukları filmi, bir annenin evlatlarını savaştan kurtarmak için verdiği mücadeleyi konu ediyor. Bir anne, rüyasında 2 oğlunun Çanakkale savaşında birbirlerini öldürdüğünü görmüştür. Ayrıca biri İngiliz siperinde, diğeri Osmanlı siperindedir. Bu durumu kocası Kasım Bey ile paylaştığında eşi onun deli olduğunu düşünmüştür. Fakat anne, çocuklarının tehlikede olduğunu hisseder ve durmaya da hiç niyeti yoktur. Bir annenin kalbinin sesini dinleyerek çıktığı yolculuk, onu Çanakkale Savaşı'nın kanlı meydanlarına götürür.

Bütün hayatını bir mucize bekleyerek geçiren Fikri Şemsigil, sonunda bu mucizeyi yaşar ve 'Güneşin Oğlu' olduğunu öğrenir. Fakat yaşadığı mucize, düşündüğünün aksine Fikri Bey'in hayatını alt üst eder. Fikri Bey'in ruhu artık, çevresindeki insanların bedenlerine girip çıkmaktadır. Ve sonunda Fikri Bey, bu kez, yıllarca beklediği mucizeden kurtulmak için, gerçeklerin peşine düşmek zorunda olduğunu anlar. Olaylar çığırından çıkmıştır. Peki, karşı apartmandaki komşusu dünyalar güzeli kız ne olacaktır?...